สวนพฤกษศาสตร์พื้นที่ชุ่มน้ำฮาโกเน่ (Hakone Shisseikaen หรือ 箱根湿生花園 ในภาษาญี่ปุ่น) เป็นสวนที่ออกแบบได้อย่างดีเยี่ยม เป็นที่ซึ่งคุณจะได้รู้จักกับพรรณไม้อย่างหลากหลายทั้งสายพันธุ์ที่เติบโตพื้นที่ชุ่มน้ำและบนเทือกเขาสูง รวมทั้งไม้ดอกของญี่ปุ่นที่ให้ดอกในช่วงฤดูร้อน สวนแห่งนี้เปิดให้เข้าชมช่วงปลายเดือนมีนาคมถึงสิ้นเดือนพฤศจิกายน คุณจะได้ชมสีสันของดอกไม้ชนิดไหนบ้างนั้นขึ้นกับว่าคุณไปเที่ยวชมในช่วงฤดูใด